Phòng Kế hoạch - Nghiệp vụ thực hiện các nhiệm vụ sau:
1. Đầu mối giúp Giám đốc Trung tâm xây dựng kế hoạch, tổ chức thực hiện và báo cáo các hoạt động quản lý về: Kế hoạch hoạt động định kỳ tháng, quý, năm và đột xuất của Trung tâm; kế hoạch về chỉ đạo, hướng dẫn, kiểm tra, giám sát, đôn đốc việc thực hiện các quy chế chuyên môn, quy trình kỹ thuật, nghiệp vụ; nghiên cứu khoa học; thu thập thông tin, phân tích các dữ liệu, tổng hợp, lưu trữ và quản lý các thông tin, dữ liệu liên quan theo quy định của ngành; chương trình, dự án; hội nghị, hội thảo chuyên môn;
2. Phối hợp thực hiện các hoạt động về: quản lý thuốc, hóa chất, vật tư, cơ sở hạ tầng, trang thiết bị; quản lý nhân lực, tài chính, tài sản; công nghệ thông tin; hỗ trợ thực hiện chỉ đạo tuyến và hỗ trợ chuyên môn cho tuyến dưới;
3. Thực hiện các nhiệm vụ khác do Giám đốc Trung tâm giao.